Po urządzeniu dna i posadzeniu roślin trzeba niezwłocznie przystąpić do napełnienia akwarium wodą. Uprzednio jednak przykrywa się wolną powierzchnię podłoża (najniższą) odpowiednio złożonym arkuszem papieru pakowego, na który kieruje się strumień ostrożnie wlewanej wody. Zapobiega to zniekształceniu uformowanego dna, jak też wypłynięciu posadzonych przedtem roślin. Do akwarium nadaje się
szczególnie woda źródlana lub deszczowa, jak również rzeczna, jeśli pochodzi z
czystych rzek; w przeciwnym razie jest ona nieodpowiednia, gdyż może zawierać
wiele zarazków i trujących dla ryby akwariowe zwierząt związków chemicznych (analogicznie przedstawia się sprawa z wodą studzienną). Woda z sieci miejskiej w zasadzie nadaje się
dla ryb akwariowych. Należy jednak pamiętać, że w niektórych miastach zawiera
ona znaczne ilości chloru, który ulatnia się po kilkunastu godzinach, tak że
dopiero po odstaniu się może być użyta do napełnienia akwarium. Niektóre
gatunki ryb są szczególnie wrażliwe na jakość wody i wymagają określonego jej
składu chemicznego.